Huit départements et un secrétariat général
- Département d’évaluation des établissements
- Département d’évaluation des organismes
- Département d’évaluation de la recherche
- Département d’évaluation des formations
- Département Europe et international
- Département du numérique et des données
- Observatoire des sciences et techniques
- Office français de l’intégrité scientifique
- Secrétariat général