Huit départements et un secrétariat général
- Département Établissements
- Département Organismes
- Département Recherche
- Département Formation
- Département Europe et international
- Département Enseignement supérieur privé (en cours de préfiguration)
- Observatoire des sciences et techniques
- Office français de l’intégrité scientifique
- Secrétariat général